L’Istituto Champagnat è situato, in linea d’aria, a circa quattro chilometri dal centro di Genova. Dista circa 300 metri dal mare, ben visibile dall’edificio che ospita plessi di primaria e medie. La proprietà confina ad ovest con Via dei Maristi, ad est con Via Felice Cavallotti, a nord con l’inizio di Via Caprera. L’Istituto fa parte della parrocchia di S. Antonio di Boccadasse ma, è ubicata in un punto dove convergono i confini di altre tre parrocchie: SS. Annunziata di Sturla, S.Pio X e S.ta Teresa del Bambino Gesù, le quattro chiese parrocchiali distano tutte dai 200 ai 300 metri dall’istituto.
Il 4 giugno 1950 l’Istituto S. Giuseppe cambio nome in Istituto Marcellino Champagnat e il 6 maggio 1951 viene posto all’ingrasso il busto del fondatore ancora presente oggi.
L’8 ottobre 1960 arriva una grande notizia, è stata approvata la costruzione della nuova sede un grande edificio in grado di ospitare tutti gli alunni, gli uffici, la comunità e le attività sportive.
Il 6 ottobre 1962 la nuova sede viene inaugurata e viene effettuato il trasferimento delle classi medie e del liceo, la primaria rimane dentro Villa Fukel.
Nell’anno scolastico 1982-1983 l’Istituto passa da solo maschile a scuola mista.
Nel luglio 2014 si decide di espandere l’offerta formativa anche ai più piccoli, viene aperta la scuola dell’infanzia dedicata a Paolo Moretti ex alunno scomparso precocemente.